Når man beregner avlsverdi til et dyr gjennom tradisjonell avlsverdiberegning, bruker man antatt slektskap mellom dyr. Slektskap beregnet med genotypeinformasjon gir et mer presist mål på slektskapet mellom genotypede dyr.
Slektskapskoeffisient
Slektskapskoeffisienten forteller hvor stor andel av genene slektninger har felles. En slektskapskoeffisient på 0 mellom to dyr betyr at dyrene er helt ubeslektet. Et dyr med slektskapskoeffisient på 1, betyr at dyret er 100% i slekt med seg selv, det vil si at dyret ikke er innavlet. Hvis et dyr har en høyere slektskapskoeffisient enn 1 med seg selv, betyr det at dyret har en eller flere forfedre som har bidratt med genetikk via både stamtavla til mor og far.
Tradisjonelt slektskap
Tradisjonelt slektskapet mellom dyr beregnes ut fra stamtavlen, og en forventet slektskapskoeffisient blir beregnet mellom individer og for individet selv.
Tradisjonelt slektskap mellom mellom individer i stamtavlen
Som vist i bildet ovenfor, arver man 50% av genene fra mor og 50% av genene fra far, og dermed er et avkom 50% i slekt med hver av sine foreldre. Dyret vil ha en slektskapskoeffisient på 0,5 til hver av foreldrene. Man antar videre at helsøsken i gjennomsnitt har 50% felles gener (slektskapskoeffisienten = 0,5) og at halvsøsken deler 25% av genene (slektskapskoeffisienten = 0,25. Forventa slektskap mellom halvsøsken er derfor 25%, som er gjennomsnittlig slektskap mellom en stor gruppe halvsøsken.
Slektskapet mellom dyr brukes til å vekte fenotypene til slektninger når avlsverdien til et dyr beregnes. Det er derfor avkom har så stor betydning på foreldrenes avlsverdi, fordi de er 50% i slekt med sine respektive foreldre. Derfor kan man med store avkomsgrupper med stor sikkerhet si hvor godt et foreldredyr er basert på prestasjonene til avkom. Store halvsøskengrupper som har felles far, og i stor grad ubeslektede mødre, som presterer jevnt over godt vil med stor sannsynlighet ha arvet gode gener fra sin far.
Genomisk slektskap
I virkeligheten arver man forskjellige segmenter av mor og fars arvemateriale. Dette gjør at man for eksempel ikke nødvendigvis har 50% felles gener med helsøsken, men kanskje 40% eller 60%. For halvsøsken er gjennomsnittlig slektskap 25%, men det kan i teorien variere fra 0% til 50%. Det er dette genomisk slektskap tar hensyn til. Ved å sammenligne alle genotypene fra ulike individer kan man beregne det genomiske slektskapet mellom de genotypede individene. Det genomiske slektskapet gjenspeiler for eksempel hvor mange av de samme genene et søksenpar faktisk har arvet fra sine foreldre.
Når man erstatter det tradisjonelle (antatte) slektskapet med et mer nøyaktig genomisk slektskap, får man en riktigere vekting av fenotypene til slektninger inn i individets avlsverdi. Derfor ved å beregne slektskap basert på genotypeinformasjon kan sikkerheten på avlsverdiene økes ytterligere. Slektskapet mellom en okse og hans døtre vil alltid være nøyaktig 50%. Det betyr at det genomisk slektskapet mellom foreldre og avkom ikke øker sikkerheten på avlsverdiene i så stor grad. Derimot for unge okser uten egne avkom og kyr vil det genomiske slektskapet øke sikkerheten på avlsverdiene.
Riktig slektskap viktig
Ved feil registrering av mor eller far vil avlsverdien til dyret bli feil og på ingen måte si noe om dyrets genetiske nivå for egenskapen, fordi fenotyper til feil slektninger blir vektet inn i avlsverdiberegningene. Derfor er nøyaktige registreringer av slektskap særs viktig.
Feil slektskap mellom genotypa slektninger vil i stor grad bli avdekket, og jo nærmere individene er i slekt jo større sannsynlighet vil det være for at feil slektskap blir oppdaget. Dette fordi genotypene til for eksempel far og sønn ikke vil stemme overens i forhold til hva som er forventet av gener de skal ha til felles.
Innavlsgrad
Slektskap mellom dyr er også viktig for å kunne regne ut innavlsgraden til et dyr. Innavlsgraden til et dyr er halvparten av slektskapet mellom foreldrene. Innavlsgraden sier noe om hvor stor sannsynligheten er for at begge genvariantene i et genpar er identisk like og er arvet ned fra en og samme forfedre. Innavl er ikke arvelig, og det er derfor ikke farlig å avle på et innavlet dyr hvis det blir paret med et ubeslektet individ.
Innavlsøkning betyr at det blir en økt grad av homozygoti i populasjonen, det betyr at indvidene i populasjonen blir genetisk like. Det øker sannsynligheten for at en genvariant blir fiksert i populasjonen, og det vil ikke være mulig å endre det genet uten å tilføre nye gener for eksempel ved å krysse inn fra en annen populasjon. Økt homozygoti og økt innavl kan gjøre at uønskede genvarianter kommer oftere til uttrykk i populasjonen.
Konsekvenser av innavl
De fleste dyr har en feil på en liten andel av genene. En slik feil kan gjøre at genet ikke er funksjonelt. Dette er ikke noe problem hvis den andre genvarianten på genparet er funksjonelt. Så lenge de to genvariantene på et genpar kommer fra ubeslekta foreldre, er sannsynligheten for at de begge har en feil og er ikke-funksjonelle, veldig liten. Dersom foreldrene er i slekt er sannsynligheten for at begge genvariantene er ikke-funksjonelle lik halvparten av slektskapet mellom foreldrene. Avkom etter sterkt beslekta foreldre vil derfor ofte ha høyere dødelighet eller være mer disponert for arvelige sjukdommer og dermed fungere dårligere som produksjonsdyr.
